對於種子島氏的來源，有兩種說法，一種認為是由桓武平氏清盛流之後裔而來；另一種則說是多彌直（？）的後代，一般人較採用前者。傳說種子島氏之祖是平清盛之孫、平行盛之子平信基。行盛之妻和信基母子兩人在北條時政的幫助下，從鎌倉逃出後，受封種子島，並兼領深川院與財部院。

到了戰國時代，由種子島時堯所統領的種子島變得炙手可熱，因為島上出產一種威力強大的新式武器－種子島火槍。天文十二年（1543），種子島的西村小浦漂來一艘受颱風襲擊的破船，船員在與島主種子島時堯會面時，獻上（一說賣出）兩梃鐵砲（即洋槍）作為禮物，請求在島上避風雨。種子島時堯接觸到這種新武器後，覺得十分震撼，於是專門組織家臣來學習操作這種武器，並學習製造方法及調配火藥，後來又在性能上加以改進，研製出著名的「種子島火槍」。這就是日本史上有名的「鐵砲傳來」事件。鐵砲的傳來對中世紀的日本有很大的影響，它不但使戰爭的型態、風貌改變，也隨之引起戰術戰略上的革命。不過可惜的是，在當時的資料上對於此事的記載並不詳細，因而留下了不少待解之謎，就連那艘漂流到種子島的船是來自南蠻（今荷蘭）還是中國都還有爭議，但在鐵砲改變了日本歷史進程這一點上，倒是無庸置疑的。

之後，身為島津家家臣的時堯把新研發出的鐵砲獻給島津貴久。在天文十八年（1549）五月的大隅加治木攻城戰，島津家首次將這種新武器在實戰中運用。種子島火槍為島津氏的「三州統一」立下了汗馬功勞，種子島和時堯本身也因此聲名遠揚。後來種子島氏第十六代當主種子島久時（時堯之子）被豐臣秀吉移封到薩摩知覽院，直到慶長四年（1599）才重新恢復了種子島的舊領。

資料提供：風影